Jerzy Tomaszewski był wybitnym historykiem, autorem licznych opracowań poświęconych dziejom Żydów w Polsce; profesorem na Uniwersytecie Warszawskim, gdzie kierował Centrum Badania i Nauczania Dziejów i Kultury Żydów w Polsce im. Mordechaja Anielewicza. Od 1970 r. należał do Rady Naukowej Żydowskiego Instytutu Historycznego, a od 1985 r. był członkiem zarządu Instytutu.

Pełnił funkcję wiceprzewodniczącego Stowarzyszenia Żydowski Instytut Historyczny. W 2005 r. razem z Ministrem Kultury i Dziedzictwa Narodowego i Prezydentem m. st. Warszawy podpisał umowę oficjalnie powołującą do życia Muzeum Historii Żydów Polskich.

Wchodził w skład komitetu redakcyjnego „Biuletynu Żydowskiego Instytutu Historycznego”,  „Kwartalnika Historii Żydów” oraz rocznika „Polin. Studies in Polish Jewry”. Pracę naukowo-badawczą kontynuował także po przejściu na emeryturę w 2002 roku. Był również członkiem Rady Programowej Stowarzyszenia Przeciw Antysemityzmowi i Ksenofobii – Otwarta Rzeczpospolita.

Napisał kilkadziesiąt książek i wiele artykułów naukowych, między innymi: Zarys dziejów Żydów w Polsce w latach 1918–1939 (1990), Mniejszości narodowe w Polsce XX wieku (1991), Preludium zagłady. Wygnanie Żydów polskich z Niemiec w 1938 r. (1998), Izrael (2001). W 2013 r. udostępnił portalowi Wirtualny Sztetl opracowane przez niego hasła ze słownika Leksykon Żydzi w Polsce: dzieje i kultura.

Muzeum POLIN i nauka polska poniosły wielką stratę.