Stworzenie kursu było wspólną inicjatywą Ministerstwa Spraw Zagranicznych i Kurii Metropolitalnej w Krakowie. Program studiów został opracowany wspólnie przez Ministerstwo i Instytut Teologii Fundamentalnej, Ekumenii i Dialogu UPJPII. Trzysemestralne interdyscyplinarne historyczne, filozoficzno-teologiczne, politologiczne i społeczne studia podyplomowe "Relacje chrześcijańsko-żydowskie" skierowane są przede wszystkim do nauczycieli.

Zorganizowane są w postaci trzech modułów zatytułowanych:

1. "Koegzystencja",
2. "Zagłada",
3. "Dialog".

Każdy z modułów obejmuje 84 godziny wykładów i ćwiczeń (w sumie 252 godziny i 72 punkty ECTS).

Po ukończeniu studiów absolwent:

• zna podstawowe etapy kształtowania się judaizmu i chrześcijaństwa oraz ich wzajemnych relacji,
• zna genezę, przebieg i skutki Zagłady,
• posiada wiedzę o relacjach zachodzących we współczesnym świecie między społecznościami żydowskimi a chrześcijańskimi, z uwzględnieniem Państwa Izrael i diaspory,        
• umie przedstawiać najważniejsze płaszczyzny wspólne i różnice w światopoglądzie żydowskim i chrześcijańskim,
• potrafi odnajdywać i objaśniać ślady kultury oraz religii żydowskiej, jej dewastacji i odradzania się, szczególnie w Polsce,
• szanuje wartości religijne oraz kulturowe judaizmu i chrześcijaństwa,
• promuje wzajemne poznanie oraz zbliżenie pomiędzy chrześcijanami i Żydami,
• przeciwdziała przejawom nieufności, pogardy i wrogości we wzajemnych relacjach.

Patronat nad tą inicjatywą objęli Minister Spraw Zagranicznych i Metropolita krakowski ks. kardynał Stanisław Dziwisz.